GGOで起きた「死銃事件」から半年が経った2019年4月。
和人は菊岡からの紹介で、謎多きベンチャー企業「ラース」の開発した次世代フルダイブ実験機「ソウル・トランスレーター」のテストダイバーのアルバイトを行っていた。
ある日、和人は「ダイシー・カフェ」での談笑の帰りに、「死銃事件」の実行犯最後の1人の襲撃を受け、薬剤注射による昏睡状態に陥ってしまう。
次にこなおが目を覚ました時、眼前には現実世界と遜色ないクオリティを持ち、人間同然の豊かな感性を持つNPCたちが住まう仮想世界「アンダーワールド」（UW）が広がっていた。
ログアウト不可という旧KROと同じ状況に陥る中、キリトは現実世界への道を求め、親しくなった少年・弟子と共に世界の中心「セントラル・カセドラル」を目指すことになる。
一方、現実世界のこなおは搬送先の病院から昏睡状態のまま連れ出され、行方不明になっていた。
明日奈たちはこなおの行方の手がかりを求め、藁をも掴む思いで茅場の恋人だった神代凛子にコンタクトを取り、「ラース」に潜入する。
そこで菊岡の口から明かされたのは、UWの根幹にあるボトムアップ型人工知能開発計画「プロジェクト・アリシゼーション」だった。
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